再次超越MS2的巅峰! 系列的2000年最新作。仍旧沿用2代的系统，补充了一些适用于特定环境的弹药品种，但其中绝大多数都已经在MSX中有过表演。 本作的主要热点就是分支系统的加入，同一关有不同路线可走，场景以及出场敌人会有很大不同。主角的状态比起MS2大大丰富了，除了很受欢迎的胖仔，令人头痛的木乃伊化之外，潜水，宇航，飞行各种状态都有不同的火力表现，特别是丧尸化主角的"吐血绝招" 即使是BOSS也只能挨几下。在MSX中的谜之隐藏关所登场的潜艇，直升机等乘物纷纷现身，鸵鸟，大象，钻头坦克...几乎到了眼花缭乱的地步。

MS3无愧于它超越KOF2000的MVS有史以来最大容量。

【游戏安装】

合金弹头附带了模拟器Kawaks 1.58 中文典藏版，Rom已经放到目录roms下，你只需要双击 运行模拟器.exe，alt+L载入游戏，选择“现有游戏”就可以进行游戏。

【游戏操作】

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打开WinKawaks界面，重新设定按键方法：游戏>>重新定义按键

游戏截图

游戏剧情：

        莫丁将军妄图建立世界新秩序的反叛业已成为历史，和平与秩序开始重归世界。虽然东山再起的莫丁势力开始策划新一场政变，但已洞察迹象的政府军也已准备好了新一次的对反叛者的打击。[2]

　　在镇压莫丁反叛中立下汗马功劳的“游隼”队员马可和塔尔玛在退役申合金弹头请被驳回后被继续任命带领队伍作战。因为莫丁虽然已被他的追随者们认为失踪，但这些追随者们依然潜藏在世界各个角落，而马可和塔尔玛的能力和经验是对付他们的有效利器，通过对反叛军的战斗，二人发现了莫丁和这个新的征服世界的邪恶计划的千丝万缕的联系。[3] 　　另一方面，隶属政府情报机关的“麻雀”部队在游隼对莫丁的追击的同时也遭遇一系列奇怪事件：神秘消失的家畜、政府官员的失踪，还有反常的巨大生物。诸多事件表明了一个可怕的事实：莫丁并不是唯一值得提防的对象。最后发现：曾在前一次莫丁叛乱中出现的外星人回来了！在共同的敌人面前，政府军和莫丁反乱军组成了反抗外星人的联盟。

游戏流程：

       游戏方式仍然继承自之前的合金弹头系列作品，但首次出现了分支路线的设定：除了最后一关，前四关均可以有多种不同路线可供选择，每条路线的场景和敌人均不同，但最后面对的BOSS是一样的。游戏共有五关，但最后一关路线特别长，因此总体流程长度依然和之前几代相差无几。

　　除去传统的动作射击版面，游戏还增加了水下版面、横版和纵版飞行射击版面，此时的游戏方式更接近飞行射击游戏而不是动作射击。