《口袋妖怪水晶》是《口袋妖怪》神奇宝贝系列游戏的第七个作品。它是一年前金银的重制版。它的冒险地区与前作的金银版相同，是城都地区，并且在通关后可以前往关东地区冒险。
口袋妖怪：水晶地点变化
狃拉出现在了冰雪通路。在金银版中，白银山之前是无法遇见它的。
鸭嘴火龙不再出现在烧焦塔，而是出现在白银山。
部份训练家站立的位置做了调整。
关都地方的野生神奇宝贝分布稍许改动。
口袋妖怪：水晶游戏变化
玩家可以选择女主人公，克丽丝作为自己的游戏角色。这是第一个可以选择女主人公的版本。
水晶版出现了米那君，以捕获水君为自己的目标。
洛奇亚和凤王均以等级60出现在游戏中。
凤王不能被捕捉直到玩家捕获了炎帝、水君、雷公。
增加雪拉比的GS球（道具）剧情，可以捕捉雪拉比。
阿鲁夫遗迹变更，增加了未知图腾的出现率。
部分神奇宝贝获得新的升级技能。
在日文水晶版中，如果玩家将在满金市的神奇宝贝中心获得的蛋兑换券交给饲育屋老夫妇，他们会送给玩家不可思议的蛋，这颗蛋有可能孵化出皮丘、皮宝宝、宝宝丁、巴尔郎、迷唇娃、电击怪或小鸭嘴龙，并且有50%的可能性孵化出异色神奇宝贝；在英文水晶版中，饲育屋老夫妇会直接送给玩家不可思议的蛋，这颗蛋有14%的可能性孵化出异色神奇宝贝。
黄金市也有了很大的变化,神奇宝贝中心变成了多功能精灵中心(PCC)(就是可以用手机上网交换精灵的地方）
来到浅黄市,竟然发现有一座战斗塔(上网才有用).……
