口袋妖怪水晶手机版继承了PC的全部内容，玩家可以利用碎片时间来打消无聊，游戏还内置金手指破解，一键式傻瓜操作，想怎么玩就怎么玩，喜欢的玩家快来拿起手机下载吧！

地点变化

狃拉出现在了冰雪通路。在金银版中，白银山之前是无法遇见它的。

鸭嘴火龙不再出现在烧焦塔，而是出现在白银山。

部份训练家站立的位置做了调整。

关都地方的野生神奇宝贝分布稍许改动。

设计变化

桔梗市西边新增了一片草地，并且在这里可以捕获卡蒂狗。这就使得没有选择炎系初学者神奇宝贝（在这个版本中是火球鼠）的玩家能够比其他版本中更早地收服到炎系神奇宝贝。

冰雪通路的迷宫变化，并且内部结构改为冰结构。

烧焦塔全部重新设计。

神奇宝贝联盟中渡的房间重新设计，现在玩家可以看见迷你龙的雕像。

雷公、水君和炎帝的战斗拥有特殊的战斗音乐。水晶版也是第一个与传说中的神奇宝贝对战会出现不同的战斗音乐的版本。

龙穴做了细微的调整：龙圣祠开放，圣祠后院添加了四棵铁头功树。

首次添加了神奇宝贝的登场动画，这个设计曾一度被废除，直到绿宝石版才再度采用。

某些神奇宝贝的图像重新设计，譬如黑鲁加和雷公；狃拉、水君等在金银两版中共用同一图像的神奇宝贝的图像做了细微调整。然而大多数神奇宝贝仍旧沿用金银版的图像。

部份训练家的台词改变。

游戏说明

口袋妖怪水晶是系列游戏的第二世代、第七个作品（美版为第六个，因为美版没有推出蓝版）金银版的重制版。它的冒险地区与前作的金银版相同，是城都地方，并且在通关后可以前往关都地方冒险。与金银版最大的区别就是在剧情方面增加了捕捉水君的内容，与可以捕捉N0.251雪拉比的内容，水晶版也是系列里面第一个可以选择女主人公的作品。