《孤岛冒险者2》沿用了前作的体力消耗系统，而且工具合成系统也进一步地强化，以面对全新的生存挑战。故事会根据游戏序盘主人公的选择而进入不同的流程——漂流到无人岛或者被坏人扣押。丰富的多结局系统也增加了游戏的耐玩性，无论进行几次流程也能体验到不同的乐趣。在游戏进程感到困惑的时候，可以向宠物“帕洛”询问，她会给予主角暗示或者协助的行动。如何生存下去并不是这个游戏的主要目的，小岛上隐藏着战争时期遗弃的军舰和空军基地。同时也可以试着找出被盗贼团劫获的藏宝图，向小岛的宝藏发起挑战。是寻找宝藏还是快速脱出，是否救出兄弟都会对结局产生微妙的影响。