《拳皇99千年之战》是一款经典的街机游戏，格斗大会进入新的篇章N.E.S.T.S篇。一九九九年的世界格斗大会依然如期举行，这次大会是由神秘组织的首领古力查利度举办，他通过大会收集各地格斗家的数据，并试图将其克隆，亡图控制整个世界，他误以为K'是自己的克隆人，可是他万万没有想到，自己才是K'的复制品，古力查利度在被K'击败后，被克隆零宣布处死，自己也被N.E.S.T.S组织擦去了全部的记忆（其实他自己的记忆也是复制品）

游戏特色

没有了模式选择，而改为所有人物通用的最大蓄满三颗宝珠的能量槽。

取消了能量槽的继承系统。

缩短了紧急回避的距离，加快了紧急回避的时间。

首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，并且新增爆气发动的反击模式和防护模式。

对战模式也更改为4VS4，启用了创新的援护系统，队伍中第四人作为援护，可发动援护攻击。