《合金弹头3》中有多种模式，在单人模式中包括经典的街机模式，玩家利用数量有限的生命尽可能的向前冲，还有任务模式，玩家可以在五个游戏章节中挑选其一，当然需要在街机模式中先解锁才可以。坐在装备（坦克、飞机等）里，当敌人的子弹快打到你，但你无法躲的时候，可以跳出来。跳出装备后，你有且只有1秒无敌时间。跳进装备里时会有1秒到2秒的无敌时间（普通的Metal Slug是1秒，潜水艇能有2秒）。乘物无敌法在最后与RootMars（最终BOSS）决战的时候能发挥重大作用。