毁灭战士II的故事紧接着前作展开，玩家被再次带到了一个无名的火星空间内（事实上在毁灭战士小说内被称为Flynn Taggart），在这里需要闯出一条从这个地狱逃离的路。在Phobos进行了殊死搏斗，并且摧毁了Deimos和整个地狱后，玩家扮演的战士终于回到了地球，但是紧接着发现自己沦为了外星人侵略的一个受害者。