忍者神龟3生存挑战，游戏的传统的一个过关游戏的玩法改成了在一个场景不同的接受越来越升级的敌兵的挑战. 难度要比原版的大,因为在整个生存挑战的时候没有可以补充血量的比萨饼可以吃.直到最终击败这关的BOSS后,才能进入下一关卡. 这也是在第一关就可以看到后面关卡的小怪的原因.